

A história acontece no país insular Hinomoto, onde humanos se escondem em fortalezas chamadas estações, contra a ameaça de seres parecidos com zumbis com corações de aço conhecidos como Kabane. Apenas locomotivas blindadas conhecidas como Hayajiro vão entre as estações. 
Numa manhã comum tudo acontecia normal como em qualquer outro dia. Do telhado, Komuro Takashi, observa um estranho acontecimento nos portões do colégio, um homem suspeito está causando confusão. Um dos professores acaba sendo mordido pelo homem suspeito e em meio a gritos de desespero dos outros professores ele se levanta, mas agora ele é um zumbi. Enquanto isso, Takashi corre de volta para dentro do colégio e junto com suas amigas Rei e Hisashi eles decidem fugir do colégio. Mas agora já é tarde demais, pois o colégio já está infestado de professores e outros colegiais zumbis. Assim começa a história de sobrevivência desses simples colegiais.
Um estudante de repente encontra um caderno que caiu do céu. Trata-se do Death Note, que permite ao seu portador matar qualquer pessoa a partir da mera anotação do nome do alvo em uma de suas páginas. Sob a influência de Ruyk, dono do caderno, ele passa a usá-lo para eliminar criminosos e pessoas que escaparam da justiça. A súbita onda de assassinatos faz com que ele seja endeusado por muitos, que o apelidam de Kira, mas também atrai a atenção de um enigmático e brilhante detetive, chamado L.